על מנת להבין כיצד עובדת המערכת ההורמונלית של האישה ראשית יש צורך בתיאור המערכת האנטומית בגוף האישה. המושג אנטומיה מבטא את חקר המבנים בגוף האדם והקשר וההתייחסות שלהם אחד לשני. כאשר מתארים את האנטומיה של גוף האדם ההנחה היא שהאדם עומד זקוף מולנו כאשר ידיו בצדי הגוף והפנים וכפות הידיים פונות קדימה. עצמות האגן הם חלק מהמבנה האנטומי. האגן מורכב מארבע עצמות, שתי עצמות ירך שמהוות את הקירות הליטרליים והקדמיים של האגן ומה-sacrom (סקרום) והcoccyx- (קוסיקס) שיוצרים את הקיר האחורי של האגן. האגן מחולק למעשה לשני חלקים כאשר חלוקה זו נעשית על ידי גדת האגן. גדת האגן נקראית גם כניסת האגן. מעל לגדת האגן מצוי "האגן הגדול" שמכונה גם כ"האגן המדומה" ומתחת לגדת האגן מצוי "האגן הקטן" המוכנה גם "האגן האמיתי". איברי המין הפנימיים של האישה מצויים למעשה בתוך האגן הקטן.
אצל נשים ישנם ארבעה סוגי אגן שמסווגים לפי הצורה שלהם. הראשון האגן ה-Gynecoid שבו כניסת האגן היא עגולה או נוטה לאליפסה על חשבון הקוטר הרוחבי. הקירות הצדדים באגן זה הם ישרים והסקרום נוטה אחורה. האגן השני הוא אגן ה-Android, באגן זה הקוטר הרוחבי האחורי, קצר בהרבה מהקוטר הרוחבי הקדמי, הקירות הצדדים של האגן מתכנסים כך שבחלק התחתון צר והסקטרום נוטה קדימה. באגן השלישי, אגן Anthrpoid הקוטר הקדמי-אחורי של כניסת האגן גדול בהרבה מהקוטר הרוחבי, הקירות הצדדיים של האגן ישרים והסקטרום נוטה אחורה. באגן הרביעי, האחרון, אגן ה-Platypelliod הקוטר הרוחבי של כניסת האגן גדול בהרבה מהקוטר הקדמי-אחורי והקירות הצדדיים של האגן ישרים.
