בית החולים "שער ציון" שימש כמוסד משותף של כלל הקהילה היהודית ביפו, אשכנזים וספרדים כאחד. בית החולים היה פתוח לכל בני ישראל אשכנזים או ספרדים מבני העיר יפו, בני המושבות, או בני שאר הערים ואפילו לאורחים העוברים ושבים. כמו כן, לבית החולים היו סממנים חברתיים בכך שהשרות הרפואי בבית החולים ניתן תמורת תשלום מדורג בהתאם למצבו הכלכלי של האדם ומשפחתו ואף הוענקו תרופות וטיפול רפואי חינם לעניים על ידי כך שחולקו להם פתקים שאפשרו להם לקבל את השירותים הרפואיים בחינם. חולים קשים חסרי אמצעים זכו לביקור בית של הרופא ולאספקת מזון מבודרת בבתיהם על חשבון הקהילה.
לפני הקמת בית החולים "שער ציון", פעל בעיר יפו בית החולים של המסיון אשר נפתח בשנת 1880 ואשר נהג לסגור את שעריו בחודשי הקיץ. בשונה מבית החולים "שער ציון", בית החולים של המיסיון העסיק רופאים זרים אשר גבו תעריף יקר עבור שירותיהם מעל ומעבר ליכולתם הכספית של רוב בני הקהילה היהודית במקום. בעת פתיחתו של בית החולים "שער ציון" בקיץ 1891, היה בית החולים של המיסיון סגור ומשנפתח מחדש לא פנו אליו חולים יהודים אלא לעתים רחוקות. חשוב לציין שבאותה תקופה שבה פעלו שני בתי החולים זה לצד זה, נוצר שיתוף פעולה מקצועי בין הרופאים עצמם היהודים והזרים הן בשעת מגפות והן בעת קבלת חוות דעת רפואית נוספת ביחס לחולים.